Il paese è adagiato su una penisoletta della sponda meridionale della omonima laguna. Il territorio di Lesina, Contea del Ducato di Benevento e sede di cattedra vescovile, era noto già al tempo dei romani con il nome Alexina. Venne rifondata da pescatori dalmati. Accolse prima i profughi di Lucera in fuga dall’imperatore Costante II e dopo 8 secoli i fuggiaschi delle Isole Tremiti.
Lago e mare, flora e fauna, natura protetta e sviluppo turistico, sono i binomi peculiari di Lesina e del suo variegato territorio.
Tutta la parte orientale del lago è stata sottoposta a regime di “Riserva Naturale di Ripopolamento Animale“.
Lo sviluppo turistico è particolarmente concentrato nell’area a nord della città, quella che si affaccia sul mare. Qui sorge Marina di Lesina, ripetutamente premiata tra le località turistiche italiane per la purezza delle sue acque.