A cidade fica em uma península na margem sul da lagoa homônima. O território de Lesina, Condado do Ducado de Benevento e sede da cátedra episcopal, já era conhecido na época romana com o nome de Alexina. Foi refundado por pescadores dálmatas. Acolheu primeiro os refugiados de Lucera que fugiam do Imperador Constante II e depois de 8 séculos os fugitivos das Ilhas Tremiti.
Lago e mar, flora e fauna, natureza protegida e desenvolvimento turístico são os pares peculiares de Lesina e seu território variado.
Toda a parte oriental do lago foi submetida ao regime de "Reserva Natural de Repovoamento Animal".
O desenvolvimento turístico concentra-se particularmente na zona norte da cidade, aquela voltada para o mar. Aqui está Marina di Lesina, repetidamente premiada entre os resorts turísticos italianos pela pureza de suas águas.