Die Stadt liegt auf einer Halbinsel am Südufer der gleichnamigen Lagune. Das Gebiet von Lesina, Grafschaft des Herzogtums Benevent und Sitz des Bischofsstuhls, war bereits in römischer Zeit unter dem Namen Alexina bekannt. Es wurde von dalmatinischen Fischern neu gegründet. Es nahm zuerst die Flüchtlinge aus Lucera auf, die vor Kaiser Constans II flohen, und nach 8 Jahrhunderten die Flüchtlinge von den Tremiti-Inseln.
See und Meer, Flora und Fauna, geschützte Natur und touristische Entwicklung sind die besonderen Paarungen von Lesina und seinem vielfältigen Territorium.
Der gesamte östliche Teil des Sees wurde dem Regime des "Naturreservats für die Wiederansiedlung von Tieren" unterworfen.
Die touristische Entwicklung konzentriert sich besonders auf das Gebiet nördlich der Stadt, das dem Meer zugewandt ist. Hier ist Marina di Lesina, die wiederholt unter den italienischen Ferienorten für die Reinheit ihres Wassers ausgezeichnet wurde.